Le ninjutsu et un art Ninja très rependu, car très complet. L'art consiste a manipuler son Chakra et à y insuffler sa nature élémentaire pour créer des attaques, des barrières ou d'autres créations élémentaires comme par exemple souffler une gerbe de flamme ou crée un mur de terre.
Les éléments majeurs sont :
Katon : l'art d'utiliser le Feu ;
Suiton : l'art d'utiliser l'Eau ;
Doton : l'art d'utiliser la Terre, le Sol ;
Fûton : l'art d'utiliser le Vent ;
Raïton : l'art d'utiliser la Foudre ;
Il existe aussi une roue de domination élémentaire qui démontre quel élément aura l’avantage sur l'autre:
Le feu domine le vent car le vent l'attise; le vent domine la foudre car l'aire et isolant, la foudre domine la terre car elle la transperce; la terre domine l'eau car elle l'absorbe; l'eau domine le Feu car elle l’éteind.
Il est aussi possible pour un Ninja dont son art et particulièrement aboutis, souvent des membres de clan, de manipuler plusieurs de ses affinité élémentaire pour en crée une nouvelle. Ces affinité mélanger disposent souvent d'une puissance décupler cependant le cout en Chakra augmente proportionnellement et il arrive que certaines techniques soient risquer pour l'utilisateur lui même.
Ces affinité sont par example:
Ranton : l'art d'utiliser les Orages (combinaison de Raïton et Suiton) ;
Mokuton : l'art d'utiliser le Bois (combinaison de Doton et Suiton) ;
Hyoton : l'art d'utiliser la Glace (combinaison de Futon et Suiton) ;
Futton : l'art d'utiliser la Vapeur (combinaison de Katon et Suiton);
Yôton : l'art d'utiliser la Lave (combinaison de Katon et Doton) ;
Jinton : l'art d'utiliser la Poussière (combinaison de Katon, Doton et Fûton) ;
Certains arts de Ninjutsu ne sont cepandant pas lier a un élément quelconque, ces elements la sont génétiques et considérer comme des Kekkai genkai de grande puissance comme par example:
Bakuton : l'art d'utiliser les Explosions ;
Shakuton : l'art d'utiliser la Chaleur ;
Kinton : l'art d'utiliser les Champs Magnétiques ;
Shoton : l'art d'utiliser le Cristal ;
Enton : l'art d'utiliser les Brasiers.